A história segue os esforços heróicos da agência de cripto-zoológico Monarch como seus membros enfrentam uma bateria de monstros do tamanho de Deus, incluindo o poderoso Godzilla, que colide com Mothra, Rodan e seu inimigo final, o de três cabeças Rei Ghidorah. Quando essas antigas superespécies - pensadas para serem meros mitos - ressurgirem, todas elas competem pela supremacia, deixando a própria existência da humanidade na balança.